Khoa Ngoại tổng quát được thành lập từ những ngày đầu khi thành lập bệnh viện, là một khoa rất phát triển đặc biệt từ sau khi bệnh viện được chuyển từ Bộ Quốc phòng sang Sở Y tế TPHCM.

Năm 2004, từ khoa Ngoại tổng hợp đã tách được khoa Ngoại Chấn thương chỉnh hình, khoa Ngoại Lồng ngực mạch máu, khoa Y học thể thao.

Năm 2012, từ khoa Ngoại tổng quát cũng đã tách được Khoa Ung bướu và Y học hạt nhân.

Ngày nay, Khoa Ngoại tổng quát là một khoa mũi nhọn của bệnh viện, bao gồm: Khoa phẫu thuật Ngoại tổng quát, Đơn vị ghép gan, với chỉ tiêu 90 giường bệnh/ngày, 3.600 ca phẫu thuật/năm.